Akt 2
I mannsgrotta er det kaos. Broderskapet er misfornøyde med at Sarastro lar sin datter bo der nede hos dem. De flyktet jo ned under overflaten for å slippe kvinners selskap, og nå finnes det en midt iblant dem. De vil ikke la seg friste, og det at Monostatos forsøkte å kysse Pamina, er et bevis på at situasjonen er uholdbar. En av brødrene foreslår at Sarastro skal la Pamina reise bort med Tamino, dersom han går gjennom prøvelsene og viser seg å være en ekte mann. Sarastro går motvillig med på dette.
Tamino og Papageno er ført inn i tempelet og blir spurt om de er klare for å gjennomgå broderskapets prøvelser. Tamino er villig å utsette seg for livsfaren for Paminas skyld. Papageno er, ikke helt uventet, litt mer skeptisk. Men han går med på å være både stille og tålmodig dersom han også får en dame i belønning. Begge lover å være tause og ikke la seg friste av kvinner under de prøvelser som skal komme.
Under første prøve dukker De tre damer plutselig opp. Papageno har store problemer med å holde munn, men våre helter blir reddet i siste liten av brødreskapet som styrter damene ned i undergrunnen.
Monostatos har aldri blitt sammen med noen dame. Er det fordi han er for stygg? Da Pamina sover lister han seg frem for å kysse henne en gang til. Han blir heldigvis avbrutt av Nattens dronning, som viser seg for sin datter i et drømmesyn.
Paminas mor anklager datteren for å velge faren fremfor henne. Pamina forsøker å forsvare seg med at hun elsker begge to. Nattens dronning forlanger at datteren skal drepe faren, hvis ikke har ikke Pamina noen mor lenger. Hun gir sin datter en krystalldolk før hun forsvinner.
Monostatos har sett møtet mellom mor og datter. Hans forslag er at Pamina skal rømme bort med ham. Pamina vil ikke fordi hun elsker Tamino. Monostatos krever at hun skal elske ham og truer henne med krystalldolken. Han blir stanset av Sarastro, som forviser ham fra brødreskapet.
Pamina gråter og sier at alt er hennes skyld, men Sarastro forsikrer henne om at det ikke er slik. Det er han og moren hennes som er skyld i alt. Han gir Pamina tillatelse til å reise bort og finne sin egen vei.
I mellomtiden er Tamino og Papageno kommet frem til klippen hvor neste prøve skal avholdes. Det viser seg å være veldig vanskelig for Papageno å overholde reglene. En gammel hårete kvinne kommer gående, og forteller at hun har en kjæreste som heter Papageno.
Papageno er i ferd med å innta et festmåltid da Pamina kommer til klippen. Hun forteller at faren har latt henne reise bort med Tamino og at han ikke behøver gå gjennom flere prøver.
Tamino tror dette er en del av prøvelsen og vender henne ryggen da hun forsøker få ham med derfra. Hun synger ut sin smerte, men Tamino er standhaftig og lar ikke hennes gråt få ham til å bryte reglene. Pamina går nedbrutt derfra.
Brødrene hyller Tamino for hans mandige handlemåte, men Tamino klarer ikke holde på tårene og springer gråtende vekk. Papageno anklager brødreskapet for å ha et forkvaklet syn på det å være mann. Han vil ikke være som dem. Han er en helt vanlig fyr og hans høyeste ønske er å få seg en dame.
Papageno blir avbrutt av den samme gamle hårete kvinnen som angrep ham tidligere. Hun krever å få bli sammen med ham. Han nekter, men hun truer med at han da må leve hele livet i disse grottene uten venner, kvinner og mat. Denne trusselen gjør at Papageno går med på å gifte seg med henne. Etter at hun har tatt av seg forkledningen og viser seg å være Papagena, hans drømmedame, blir både Papagena og Papageno styret ned i hver sin undergrunn.
Etter å ha blitt avvist av Tamino, vender Pamina tilbake til klippen for å ta sitt eget liv. Hun blir stanset i siste liten av De tre guttene, som kan fortelle at Tamino elsker henne like høyt som hun elsker ham. Sammen går de for å finne ham.
I lavarommet skal en nedbrutt Tamino gå igjennom den siste prøven. Han skal gå gjennom ild for å bevise sin mandighet. Plutselig hører han Paminas stemme og ber om å få snakke med henne. Brødrenes leder nekter ham dette, men da bryter de andre brødrene inn og gir ham lov. Både Tamino og Pamina har vist seg verdige.
Pamina foreslår at de sammen skal gå gjennom ildprøven, og mener at Tryllefløyten, som opprinnelig var en kjærlighetsgave fra Sarastro til Nattens dronning, skal lede dem trygt gjennom alle farer. Ved hjelp av musikken og kjærlighetens makt kommer de seg helskinnet gjennom ilden, til brødrenes begeistring.
Papageno leter etter sin Papagena. Men da han ikke kan finne henne igjen, beslutter også han å ta livet av seg. Men også han blir stanset av De tre guttene, og ikke nok med det: De hjelper ham å finne Papagena.
På overflaten leder Monostatos Nattens dronning og hennes kvinnelige hoff til den hemmelige inngangen til brødreskapets grotter. Nattens dronning lover at han skal få Pamina, som belønning for sitt svik mot Sarastro.
Like før de skal stige ned i undergrunnen blir de angrepet av Sarastro og hans brødre. Nå skal de styrtes ned i den evige natt.
Hvis ikke noen stanser dem. Hvem skulle det være?